La función de esta dependencia es velar por la legalidad de la ejecución de la pena conforme a la Constitución, la ley y los Tratados Internacionales de Derechos Humanos que forman nuestra legislación, es decir, que la parte dispositiva de las sentencias se cumplan dentro del marco de legalidad y en forma correcta.

El logro de esta nueva dependencia está a la vista: se le dio trámite a casi cinco mil expedientes ante el Juzgado de Ejecución de Condena y su titular, la doctora Patricia Armendía, asistió a 114 audiencias orales, puesto gracias al funcionamiento de la Fiscalía de Ejecución, paulatinamente se van oralizando todos los incidentes de ejecución, fundamentalmente en lo que hace a los egresos anticipados (libertad condicional, libertad asistida) es decir, trámite y resolución de los pedidos se dan en el marco de una audiencia oral en la que interviene todas las partes: interno, Fiscal, Defensor y los integrantes del Consejo Correccional de cada unidad penal, frente a la Juez de Ejecución (y la presencia de la víctima, que es escuchada en el trámite). También, todo lo atinente al tránsito en la progresividad del régimen penitenciario que establece la ley 24.660.

Esto es así porque el fiscal de Ejecución de Penas analiza y emite dictamen opinando sobre cada uno de los pedidos y reclamos que formula el defensor o el preso, para que el juez resuelva teniendo en cuenta la opinión de ambas partes.

Además, ejerce el control de legalidad en todos los aspectos de la ejecución de la pena. Puede hacer presentaciones incluso en favor del condenado; debe concurrir a la cárcel para verificar las condiciones de detención.

Junto con la ley de creación del Juzgado de Ejecución de Condena (ley 5655) y la ley de creación de la Fiscalía, Defensoría y Curaduría de Ejecución de Penas, Medidas de Seguridad y Tutelares, se impuso la necesidad de un fuero especializado, con partes especializadas, proponiendo un sistema de ejecución de penas que garantice el acceso a la justicia de las personas privadas de libertad  de un modo acorde con el marco internacional  de derechos humanos y acercarse de manera importante hacia una noción plena de judicialización en esta etapa del proceso, donde el poder punitivo del Estado se expresa con su máxima intensidad, no ya como pretensión sino como poder efectivo. Dado el nivel de afectaciones a los derechos básicos de la libertad, separación de la familia, del medio social, etc. 

En resumidas cuentas, las funciones de la Fiscal de Ejecución de Penas son el control de legalidad y defensa del interés social; el contralor y puesta en crisis de las decisiones de la Juez de Ejecución de Condena; y el velar en todo momento por la legalidad del proceso de la ejecución  lo que significa que los actos realizados sin la intervención de la fiscal, son nulos de nulidad absoluta.